口袋妖怪火红二周目的初始任务主要围绕图鉴升级和七岛探索展开。通关一周目后，读取存档会从自家门前开始，大木博士会主动出现并询问图鉴收集进度。若已收服超过60种宝可梦，博士会将关都图鉴升级为全国图鉴，这是开启二周目剧情的必要条件。前往精灵联盟会发现四天王的冰系训练家科拿暂时离开，暗示后续任务与她的行踪有关。
完成图鉴升级后需前往枯叶市码头乘船抵达一岛。在岛屿的网络中心会遇到研究员阿棉，得知修复通信机器需要红蓝宝石。需沿一岛右侧冲浪至灯火山，在山腰处击败两名火箭队残党获取密码情报，并在山顶洞穴深处取得红宝石。将红宝石交给研究员可获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限，这是后续探索的核心道具。
取得通行证后需立即前往四岛，在岛屿入口会短暂遇见劲敌小茂但不会触发战斗。科拿的住所位于该岛东部，其右侧的冰瀑洞窟需利用碎岩和攀瀑技能深入。洞内需通过双层冰面机关抵达右下角获取HM07攀瀑，最终在深处发现科拿正与火箭队对峙，协助击败敌人后得知五岛存在火箭队仓库。
五岛探索需从空地向下进入仓库区域，但初始因缺乏密码无法进入。需转至六岛，通过标记森林和水之小径抵达遗迹洞穴，用居合斩开门后按特定顺序（上、左、右、下）跌落洞穴获取蓝宝石。该宝石会被尾随的火箭队成员抢夺，但对方会留下仓库密码。返回五岛输入密码进入仓库，在右上角击败敌人夺回蓝宝石，至此完成二周目前期的关键物品收集任务。
