在三周目阶段，玩家需要将图鉴升级至386版才能开启遗迹山谷的相关内容。首先前往博士处完成图鉴升级，随后通过坐船抵达火焰山区域。进入火焰山右侧山洞后，使用怪力技能推动内部石块获取红宝石，最后将红宝石交还给博士即可获得船票。这张船票是前往包含遗迹山谷在内的七个岛屿的关键道具，缺少该道具将无法触发后续事件。
获得船票后乘坐船只抵达七之岛，从岛屿桥梁处向下行进即可发现遗迹山谷的入口。该区域由七个横向排列的遗迹构成，但初次进入时所有遗迹内部均为空置状态。需注意山谷中部存在隐藏洞穴，使用居合斩技能可开启洞穴入口。洞穴内部设有需要推动的岩石谜题，必须按照特定顺序操作才能激活遗迹功能。
进入洞穴后需将三块岩石分别推入对应坑位，该过程需要精确控制推动方向和顺序。成功填平所有坑位后，七个遗迹将同步激活并出现未知图腾。每个石室对应不同属性的未知图腾，捕获这些图腾可完善宝可梦图鉴。推动岩石时必须携带掌握怪力技能的宝可梦，且需确保队伍中有足够空间容纳新捕获的未知图腾。
遗迹山谷的探索价值主要体现在未知图腾的收集方面，这些特殊宝可梦具有装饰文字形态的独特外观。完成全部石室探索后，建议返回灯火山检查是否有新增事件触发。整个过程中需保持与七之岛其他区域的联动探索，包括水之迷宫和绿之步道等关联地点，这些区域的进度可能影响遗迹山谷的最终完成度。
该区域的谜题设计体现了环境交互与技能运用的结合，正确使用居合斩和怪力是解决问题的核心。若在推石过程中出现错误，可通过离开洞穴重新进入的方式重置岩石位置。遗迹山谷的开启条件与主线剧情进度密切相关，过早前往该区域将无法触发有效事件。
